不同的生物之间有些器官虽然外形相似、功能相同，但其内部构造和来源却是不同的，例如，蝴蝶的翅和鸟的翅，这些器官叫同功器官。这些器官适应相同的环境，用于相同的功能，因而在发展中趋向一致，形成相似的形态。同功器官不能说明生物之间具有直接的亲缘关系。
此外，还有一些器官在某些生物中十分发达、有用，但在另一些生物体中却是显著退化和无用的，或者是用途不大，这些器官叫做退化器官，如人的盲肠和阑尾，仙人掌不发达的针状叶等。退化器官的存在，实际上是同源器官的一种表现形式，说明了这些生物是从具有这些器官的生物进化而来的，证明了生物之间亲缘关系的存在。
