1918年10月,他创办《京报》,写下“铁肩辣手”四字挂在报社墙上,与办报同仁共勉。《京报》关注国家命运、人民疾苦,成为当时国内积极提倡新文化、传播新思想的进步报刊之一。
1918年10月,蔡元培聘邵飘萍为导师,促成北大成立了新闻研究会,这是中国新闻教育的开端。毛泽东曾于1919年2月出席该会,并获得“听讲半年”的证明书。
1919年4月底,邵飘萍接连撰写了《国家对待外交之准备勿以空言塞责》等尖锐有力的评论文章,痛斥腐败政府的卖国行径,呼吁国民奋起反抗帝国主义的侵略。5月中旬,东阳中学学生声援北京学生的义举。其间,邵飘萍将《京报》和许多抨击封建文化的文章寄回东阳,为当时闭塞的东阳吹来了新文化的春风,使广大进步青年充满活力。
1920年,邵飘萍写成了《综合研究各国社会思潮》和《新俄国之研究》两书。前者介绍西方流行的各种社会政治学说,并较多介绍了马克思的社会主义理论。后者专门介绍十月革命后苏俄的政治、经济、文化教育等各方面的制度和政策。
1926年,奉系军阀对邵飘萍使用威胁、收买等手段均遭失败后将其逮捕,于4月26日以“勾结赤俄,宣传赤化”罪将其杀害。