人体和很多微生物共生，大多数微生物都生活在肠道里，其中大部分是细菌，还有一些是真菌和原生生物。细菌能产生可以降解一些碳水化合物的酶，这些降解产物可以被人体利用。，人体可能无法降解一些营养物质，比如说人体需要特定的细菌才能降解乳糖，缺少了它们可能会患“乳糖不耐症”。人体对脂肪的吸引和储存也和肠道细菌有很大的关系，肥肠症患者的肠道菌群和正常人不同。肠内菌群还会阻止有害细菌的繁殖，。人体肠道细菌甚至还会和人体产生一些更“直接”的作用：它们可以加快肠道表皮细胞的生长，控制表皮细胞的分化，还可能会促进肠道附近的淋巴细胞的生长。肠道菌群会刺激人体肠道免疫系统的发育，并且不断“训练”它，让它增加“分辨敌我”的能力。，经过肠道菌群合理“训练”的人体免疫系统不会轻易做出过激的反应，也就是说让人“过敏”。
