“蛟龙号”载人潜水器可以完成三种自动航行：自动定向航行，驾驶员设定方向好欧，“蛟龙号”可以自动航行，而不用担心跑偏；自动定高航行，海底的山形起伏，但这一功能可以让潜水器与海底保持一定高度；自动定深功能，可以让“蛟龙号”保持与海面距离不变．
“蛟龙号”采用“深潜器无动力下潜上浮技术”，能潜行入海的主要原因是配有压载铁块．在下潜试验前，需要测量海底作业区域的海水密度，确定压载铁块的重力．潜水器两侧配备4块压载铁，当潜水器到达一定深度时，可抛弃其中2块压载铁，在减小螺旋桨的工作压力的情况下使潜水器减速到指定深度上悬停定位，保持在这个深度上实现航行、拍照、取样等．当悬停在某处完成任务后，再抛弃剩下的2块压载铁，使潜水器在水中上浮到达水面漂浮．
声音在水中的传播速度大约是1500m/s，但是随着深度的增加传播速度回逐渐降低；随着深度的继续增加，传播速度出现一个拐点之后，声音传播速度又逐渐提高．因此，下潜试验前，都要根据海水盐度等要素的观测数据测算这个拐点的深度，将水声通信机放在拐点深度以下，保证通信质量．
