长岛国家级自然保护区有“候鸟粮站”之称,计有候鸟230多种,其中,被列为国家重点保护的有丹顸鹤、白鹳、天鹅、白肩雕、金雕、秃鹫等41种,被列入中日候鸟保护协定的有164种.
这里是中国三条主要的候鸟迁徙路线中最为主要的一条,每年春秋两季,数以万计的候鸟成群结队来岛上歇息觅食,或就地繁殖.良好的自然环境和丰富的野生动物资源,使长岛成为我国东部沿海研究鸟类迁徙规律的不可多得的基地之一.
1984年以来,长岛自然保护区就开始进秆鸟类环志工作,为30多种鸟类、数万只个体戴上了环志,促进了鸟类资源的调查和保护,为保护区的建设提供了依据.