红海位于东非大裂谷上,在距今约4000万年前,非洲和阿拉伯两个大陆隆起部分轴部的岩石基底,发生了地壳张裂。当时有一部分海水乘机进入,使裂缝处成为一个封闭的浅海。在大陆裂谷形成的同时,海底发生扩张,熔岩上涌到海底地表,不断产生新的海洋地壳,古老的大陆岩石基底则被逐渐推向两侧。后来,这里的海水又慢慢地干涸了。到了距今约300万年时,海水再次进入红海。红海海底沿主海槽轴部裂开,形成轴海槽,并沿着轴海槽发生缓慢的海底扩张,东西两侧的非洲和阿拉伯大陆也在缓慢分离,形成的红海也成为了世界盐度最高的海域。下图为红海所在的区域图。