免疫系统具有三大生理功能。一是识别和清除外来入侵的抗原。，机体可抵御病原微生物及其毒性产物的感染和损害；异常情况下，反应过高会引起超敏反应，反应过低或缺失可发生免疫缺陷。二是识别和清除体内发生突变的肿瘤细胞或其他有害的成分。人体内细胞在各种原因的刺激下，有一部分细胞会发生突变导致肿瘤，免疫系统识别到这种突变细胞后就会设法清除，，而免疫监视功能下降时人体容易长肿瘤。三是通过自身免疫耐受和免疫调节使免疫系统内环境保持稳定。修补免疫细胞能修补受损的器官和组织，。
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