乌苏里江流域湿地不仅有森林、灌木、草本和水生生物等建构良好生态系统的基础，还有丹顶鹤等上百种珍稀动物“定居”于此。乌苏里江流经湿地时，表层土壤在吸收和分解污染物的同时，众多的营养物质也被储存其中，为动植物提供丰富养料。随着当地人口的增加、土地的开垦和用水的增加，流域内很多自然湿地都在萎缩。如今，伴随着黑瞎子岛等众多湿地被设立为自然保护区，越来越多的自然湿地得到了保护。
2005年11月13日，一起石化公司泄露事件，导致污染物硝基苯流入松花江，形成的污染带在松花江口注入黑龙江，污染带又沿着黑龙江向东流入了俄罗斯境内，最后注入太平洋。
近百年我国东北地区平均气温上升了1.43℃，是全球升温速率的两倍。气候变化剧烈、暖干化趋势明显、干旱灾害频繁发生，给该地区粮食生产的稳定性带来了巨大挑战。其中，大豆中熟品种北移至松嫩、三江平原的大部分地区，大豆的中晚熟品种北移至黑龙江省南部地区，晚熟品种北移至辽北地区。
