制作腐乳的工艺流程是：豆腐切块→长出毛霉→加盐腌制(析出水分，使豆腐块变硬，同时抑制微生物的生长，避免豆腐块腐败变质)→加卤汤装瓶(形成独特风味)→密封腌制发酵。腐乳发酵分为前酵与后酵。前酵是培菌累积酶系的过程，一般为36~48 h。后酵是酶系作用于腐乳坯体的过程，耗时较长，一般为3至6个月。
因菌种、配料、腌制时间和后熟时间等的不同，腐乳按色泽风味分为红腐乳、白腐乳、青腐乳(“臭豆腐”)、酱腐乳等。红腐乳的红色主要是红曲菌产生的红色色素；白腐乳的乳黄色是黄酮类物质，在酶作用下缓慢氧化产生；青腐乳的淡青色是氨基酸分解生成的硫与金属离子结合产生的。
腐乳发酵过程中食盐含量对化学组分的影响如下图所示。
腐乳中食盐和嘌呤含量普遍较高，高血压、心血管病、痛风、肾病患者及消化道溃疡患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。臭腐乳发酵后，容易被微生物污染，另外臭腐乳豆腐坯中的蛋白质会氧化产生含硫的化合物，如果吃太多的臭腐乳，影响身体健康。
随着人民生活水平的提高和国民经济的发展，人们对腐乳的质量要求越来越高。
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