有人评论达尔文“是一个优秀的观察者，但缺乏推理能力”，其实《物种起源》中有很多具体的语段，都在作推理论证。比如：
“如果物种只是特征明显而稳定的变种，我们马上就会发现其杂交的后代，在某些性质和程度上，如在连续杂交之后，彼此可以融合等方面，酷似其父母，并且都如公认的变种的杂交后代一样，遵循着同样复杂的法则。如果物种是独立创造的，而变种是由次级法则所产生的，上述相似性就变得颇为离奇了。”
这里有两处推理。第一句，由前提（ ），推出（ ）；第二句，由前提“物种是独立创造的，而变种是由次级法则所产生的”，推出“杂交的后代无法遗传父母特性，不具有相似性”，而事实却是具有相似性，以此反过来证明独创论的荒谬。再如最后一段运用连续演绎推理，从遗传变异的一般原理逻辑推理，提出生物地理分布上的一些推论，而自然界的事实证实了这些推论的正确性。
