1755-1759年,清朝出动数万军队平定叛乱,结束了天山南北长达数百年的分裂割据局面、清朝基本沿用汉、唐治理西域的办法,在新疆实行以军事为主的军府制度,设置伊犁将军为最高军政长官。在汉、回农民聚居的乌鲁木齐,清政府采用与各省一致的郡县制,而塔里木盆地是维吾尔族的聚居区域,清政府则基本保留其原有的伯克统治制度。1759年,清政府从内地抽调八旗、绿营官兵到新疆携眷长驻,在各战略要地和交通要道修筑城堡,这些城堡不仅是军队驻所,后来还发展成为各地的政治、经济、文化中心;清政府还在天山南北开展了以大规模屯田垦荒为中心的农业生产活动,使新疆大片万古荒原变成了良田,从根本上解决了新疆军府人员的粮食问题。但在强调边疆地区的特殊性和制定特殊政策时,也出现了一些不利于各民族交流、影响边疆民族社会发展的消极因素,如南疆实行的回汉隔离政策等,迟滞了边疆地区的经济开发。
——摘编自齐清顺《清朝对新疆的治理与开发》