为什么科学技术的负面效应是内在的、不可避免的？这是因为，现在普遍应用的科学之技术，都来自数理科学。数理科学的机械自然观与自然本身是有冲突的。科学及其技术的力量越强大，冲突越激烈。
数理科学的代表是牛顿的经典物理学，它建立在机械论、决定论、还原论的世界图景之上。牛顿时代有种说法，“上帝是一个钟表匠”，整个宇宙被看成一架机器，由一系列机械连接的构件组合而成，它是物质的，没有内在生命，这是机械论；这架机器可以分离、拆卸，也可以重新安装、重新组合，这是还原论；只要掌握每一个部件的细节，就可以对整个机械的运行做完全确定性的计算和预期，这是决定论。按照这种机械自然观的世界图景，整部宇宙机器的运行遵循既定的、统一的物理规律；这些规律能够被人获知，写成数学方程；这些方程可以计算。数理科学试图通过计算，对大自然进行准确的分析和预言。进而，通过其技术，直接对自然进行干预。于是，大自然成为人类研究、分析、计算、控制、改造、重构的对象。大自然失去了其曾经的主体地位，变成了纯粹的客体，人类则相信自己有能力、有权力对自然进行控制和改造。
在工业文明的社会结构中，整个社会都把资本增值作为最高目标和最高行为准则，人类通过科学对自然的改造也不例外。数理科学不仅为工业文明的意识形态提供支持（机械自然观、人类中心主义、社会进步观等），还提供有助于资本流通、增值的技术。反过来，社会也对这样的科学和技术予以支持，使得其获得更多的资源，从而加强了对自然的控制和改造。
数理科学的实际操作方式是：从自然之中切割出一个局部，忽略这个局部与其他部分之间的关联，建立理想化模型，再用数学方程来描述这个局部，此所谓科学规律。美国科学哲学家约瑟夫·劳斯认为，科学是一种地方性知识，实验室中的地方性知识。人们把基于实验室的科学技术强行应用于大自然（“大自然的实验室化”），必然要对自然的整体性造成破坏。大自然也不会甘于“被”的命运，在整体上不会服从人类从局部自然中获得的规律。人类行为在长时段导致的后果，就是全球性的环境问题和生态危机。
一项科学的技术在应用之初，它的好处是当下可见的。而其负面效应则很难马上就被人知晓。原因大致如下：有时候，负面效应要很长时间之后才能被人认识到；有时候，负面效应是分散的，并不集中表现为单一的效应，难以找到责任者；还有很多时候，负面效应的承担者与正面效应的享受者不是同一个人群，比如享受者是城市白领，承担者在生产第一线；更有很多时候，负面效应的承担者并非人类，而是自然环境，它不会说话；还有一种可能，承担者尚未出生，因为其影响在很久以后。由于负面效应显现的迟滞性，它一旦显现，就已经晚了。并且，一经显现，就不可逆。
